keytool option -printcert do not print the leading zero of certificate's serial number. See the following output from keytool -printcert and dumpasn1.

keytool shows serial number as:

Serial number: 81cdf127

dumpasn1 shows serial number as:

  13 5: INTEGER 00 81 CD F1 27

-------------------------

bash-2.05b$ /net/koori/onestop/jdk/6.0/latest/binaries/linux-i586/bin/keytool -printcert -file ~/sec/tmp/sunapplserver.cer
Owner: CN=dev.experimentalstuff.com
Issuer: CN=dev.experimentalstuff.com
Serial number: 81cdf127
Valid from: Tue Mar 07 14:55:14 PST 2006 until: Thu Jun 07 15:55:14 PDT 2007
Certificate fingerprints:
         MD5: CD:51:52:9B:28:23:BF:AA:2D:70:EC:6D:7D:79:9C:6A
         SHA1: B1:38:5F:01:62:0F:DB:BE:83:DB:DE:FA:5A:67:7B:3F:3E:F4:2B:35
         Signature algorithm name: MD5withRSA
         Version: 3

bash-2.05b$ ~/sec/tools/asn1tools/dumpasn1 ~/sec/tmp/sunapplserver.cer
   0 468: SEQUENCE {
   4 317: SEQUENCE {
   8 3: [0] {
  10 1: INTEGER 2
         : }
  13 5: INTEGER 00 81 CD F1 27
  20 13: SEQUENCE {
  22 9: OBJECT IDENTIFIER md5withRSAEncryption (1 2 840 113549 1 1 4)
  33 0: NULL
         : }
  35 36: SEQUENCE {
  37 34: SET {
  39 32: SEQUENCE {
  41 3: OBJECT IDENTIFIER commonName (2 5 4 3)
  46 25: PrintableString 'dev.experimentalstuff.com'
         : }
         : }
         : }
  73 30: SEQUENCE {
  75 13: UTCTime 07/03/2006 22:55:14 GMT
  90 13: UTCTime 07/06/2007 22:55:14 GMT
         : }
 105 36: SEQUENCE {
 107 34: SET {
 109 32: SEQUENCE {
 111 3: OBJECT IDENTIFIER commonName (2 5 4 3)
 116 25: PrintableString 'dev.experimentalstuff.com'
         : }
         : }
         : }
 143 159: SEQUENCE {
 146 13: SEQUENCE {
 148 9: OBJECT IDENTIFIER rsaEncryption (1 2 840 113549 1 1 1)
 159 0: NULL
         : }
 161 141: BIT STRING, encapsulates {
 165 137: SEQUENCE {
 168 129: INTEGER
         : 00 A5 75 9D A8 89 1C 63 41 76 F8 2C AA 16 25 C2
         : 5F 6F 65 6D FA 7A 29 1E A5 61 1F 74 E3 C8 34 E1
         : 6D 1D D3 1B F6 85 59 1D 13 25 6B E0 42 AB 26 A0
         : 2D F0 03 D5 77 8B BB 87 F4 DB 7F FC D1 51 BE 58
         : CA 0E 01 89 95 87 4B F6 B9 64 FA 21 E7 75 24 C2
         : 5A D5 7A 6E 54 8D 78 F6 27 00 7D C2 DB E2 BD 20
         : 49 CE AC 39 C6 38 0E 53 42 DF 23 CE E5 22 A9 AF
         : 15 B9 89 9D 23 9C 5D 70 DA BB A9 DF 98 BA B4 A5
         : [ Another 1 bytes skipped ]
 300 3: INTEGER 65537
         : }
         : }
         : }
 305 18: [3] {
 307 16: SEQUENCE {
 309 14: SEQUENCE {
 311 3: OBJECT IDENTIFIER keyUsage (2 5 29 15)
 316 1: BOOLEAN TRUE
 319 4: OCTET STRING, encapsulates {
 321 2: BIT STRING 3 unused bits
         : '10100'B
         : }
         : }
         : }
         : }
         : }
 325 13: SEQUENCE {
 327 9: OBJECT IDENTIFIER md5withRSAEncryption (1 2 840 113549 1 1 4)
 338 0: NULL
         : }
 340 129: BIT STRING
         : 73 28 F4 BE 99 E3 32 1E 08 14 7F F7 9D 08 DC 76
         : 17 BD 7D C5 44 51 26 F0 D7 91 B0 B0 6D F4 B4 9D
         : 0C 2A 0E BE 02 4B A2 F6 0F 43 4F 06 59 F6 5C 1A
         : 97 F0 AF F7 9C A1 FB 8F 14 36 2D 01 11 33 09 E5
         : A5 F1 DA F3 03 66 C5 B7 13 92 6B 4C 4F 74 3D 01
         : 92 3E 6F 7C 36 34 62 29 AE CD 2E 63 FD 8A 93 D1
         : 39 80 BC 86 F8 BE 94 A3 94 A7 A5 A1 D6 CC B2 33
         : F9 2C 40 20 0B 66 CD 57 EE 67 1D A4 60 39 DA 67
         : }

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bash-2.05b$